খাগড়াছড়ি ক্ষুদ্র নৃগোষ্ঠীর সাংস্কৃতিক ইনস্টিটিউটটি ২০০৩ সালে বাংলাদেশ শিল্পকলা একাডেমীর একটি প্রকল্পের মাধ্যমে খাগড়াছড়ি উপজাতীয় সাংস্কৃতিক ইনস্টিটিউট নামে প্রতিষ্টা লাভ করে। পরবর্তীতে সময়ে ক্ষুদ্র নৃগোষ্ঠীর সাংস্কৃতিক প্রতিষ্ঠান আইন-২০১০ এর দ্বারা একটি সতন্ত্র প্রতিষ্ঠান হিসাবে খাগড়াছড়ি ক্ষুদ্র নৃগোষ্ঠীর সাংস্কৃতিক ইনস্টিটিউট নামে আত্মপ্রকাশ করে। বর্তমানে এটি সংবিধিবদ্ধ সংস্থা হিসাবে বাংলাদেশ সরকারের সংস্কৃতি বিষয়ক মন্ত্রনালয়ের নিয়ন্ত্রণাধীন। সম্পূর্ন সরকারের অনুদানের উপর ভিত্তি করে প্রতিষ্ঠানটির কার্যক্রম পরিচালিত হচ্ছে।